Il museo vuole essere un punto di riferimento per il dialogo tra la comunità scientifica e il pubblico, tramite l'offerta - su prenotazione - di visite guidate, attività didattiche, progetti speciali, mostre, conferenze, convegni e attività ludiche per giovani scolari. A compendio delle visite guidate, sono state abbinate le cosiddette isole didattiche: spazi all'interno dei quali gli studenti possono seguire lezioni su temi specifici e sviluppare esperienze dirette, attraverso la manipolazione di campioni.
Il museo è dotato dell'unica biblioteca ed emeroteca scientifica della provincia di Grosseto, il cui catalogo è consultabile anche online.
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